正常生理條件下，人體內的各種代謝過程受到嚴格而精細的調節，以保持內環境穩定，適應機體生理活動的需要。這種調節控制主要是通過改變酶的活性來實現的。己糖激酶（葡萄糖激酶）、磷酸果糖激酶-1、丙酮酸激酶是糖酵解的關鍵酶，它們的活性大小，直接影響著整個代謝途徑的速度和方向，其中以磷酸果糖激酶-1最為重要。
1．激素的調節 胰島素可誘導GK、PFK-1、PK的合成，因而使糖酵解過程增強。
2．代謝物對限速酶的變構調節磷酸果糖激酶-1（PFK-1）是三個限速酶中催化效率最低的，故而是糖酵解途徑中最重要的調節點。該酶分子為四聚體。分子中不僅具有與底物結合的部位，還具有與變構激活劑和變構抑制劑結合的部位。F-1,6-BP、ADP、AMP等是其變構激活劑，而ATP、檸檬酸等為其變構抑制劑。在這些代謝物的共同調節下，機體可根據能量需求調整糖分解速度。當細胞內能量消耗增多，ATP濃度降低，AMP、ADP濃度增加，則磷酸果糖激酶-1被激活，糖分解速度加快，使ATP生成量增加；當細胞內有足夠的ATP儲備時，ATP濃度增加，AMP、ADP濃度下降，磷酸果糖激酶-1被抑制，糖分解速度減慢，減少ATP生成量，避免能量的浪費；當饑餓時，機體動員儲存脂肪分解氧化，生成大量乙酰CoA，乙酰CoA可與草酰乙酸縮合成檸檬酸，抑制磷酸果糖激酶-1的活性，從而減少糖的分解，以維持饑餓狀態下血糖濃度。