可用于膠原蛋白的純化方法包括鹽析法、透析法、離心法、電泳法和色譜法，其中鹽析法、離心法和電泳法最為常用。由于單一方法難以完全分離純化膠原蛋白，實際操作都是通過復合法來達到分離純化膠原蛋白的目的。
鹽析法一般采用高濃度NaCl；
離心法常選用制備型低溫超速離心機；
電泳法多采用十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳法（SDS-PAGE），該法既可用于膠原蛋白的分離純化，還可用來測定膠原蛋白分子的相對分子質量。
像有人用破碎、酶解、鹽析三步法提純蘇尼特羊骨骼I型膠原蛋白。先去除骨頭里的非膠原物質，然后往沉淀中10%的胃蛋白酶，在4℃的條件下消化24h，以14000r/min離心40min。棄沉淀往上清液中加NaCL，使它終濃度達到0.9moL/L，靜置過夜，再離心，最后的沉淀就是I型膠原蛋白。