1.與慢性原發性腎上腺皮質功能低下鑒別
給足量的皮質激素后色素沉著不消退，且垂體瘤進行性增大。
2.與異位庫欣綜合征鑒別
血漿ACTH值均升高，但異位庫欣綜合征患者血皮質醇水平升高，而Nelson綜合征患者血皮質醇水平降低。還可作賴氨酸加壓素試驗可鑒別。肌注LVP10國際單位前、后測血漿ACTH值。Nelson綜合征注射后峰值比注射前基礎值增高300%。正常人僅到140%。
3.其他
腎上腺手術前有皮膚色素沉著者應考慮到垂體腫瘤的存在，還應考慮到垂體、腎上腺外的癌瘤造成的異位ACTH分泌綜合征。