HIV感染兒童后會出現一系列的與成人不同的免疫缺陷特征。
科學家們對一些由于縱向傳染感染了HIV病毒的古巴兒童和一些健康兒童進行了對比，采用了臨床觀察和一些檢測來衡量他們的免疫學狀況，發現75%的患者表現出了早熟的癥狀。在對患者使用抗逆轉錄病毒治療后，有部分患者的病毒載量變得非常高，高于100000cp/ml。HIV感染的兒童與正常兒童間的不同在于：CD4+，CD16+/cd56+，和cd19+的T淋巴細胞減少，CD3+，CD8+，CD8+/CD38+，CD3+/CD95+的T淋巴細胞及免疫球蛋白gamma IgG增多。他們在血清水平，溶血活性和補體系統中則沒有顯著區別。這一發現有助于人們對兒童HIV患者進行更全面的關注和更好的治療。
