1、應對代謝物鑒定和確證，線性離子阱質譜儀可自動查找到所有可能的代謝物。
2、基于離子/離子化學的電子轉移解離，線性離子阱質譜儀是實現此技術的儀器。ETD與CID互為補充，提高蛋白序列覆蓋率；保護不穩定PTM翻譯后修飾基團，簡化數據分析；單次進樣自動啟動CID和ETD。
3、母離子智能選擇：自動數據依賴多級質譜采集技術不僅能為用戶提供預測代謝物結構信息，也能提供提供未預測的代謝物結構信息。此外，使用自動固定中性丟失數據依賴性掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetWorks和MassFrontier分析軟件增強復雜基質鐘代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更加簡便。
4、應對蛋白質組學和生物標記問題，ETD解離技術使LTQ XL成為蛋白質組學研究更強大的分析工具。
5、線性離子阱質譜儀可配置ETD裂解源，ETD能夠為線性離子阱提供類似ECD的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同時，保護不穩定的PTM翻譯后修飾集團，例如磷酸化翻譯后修飾。