線粒體基質
線粒體基質是線粒體中由線粒體內膜包裹的內部空間，其中含有參與三羧酸循環、脂肪酸氧化、氨基酸降解等生化反應的酶等眾多蛋白質，所以較細胞質基質黏稠。蘋果酸脫氫酶是線粒體基質的標志酶。線粒體基質中一般還含有線粒體自身的DNA(即線粒體DNA)、RNA和核糖體(即線粒體核糖體)。
線粒體結構
線粒體具有內、外兩層膜，內膜的某些部位向線粒體的內腔折疊形成嵴，嵴使內膜的表面積大大增加。嵴的周圍充滿了液態的基質。線粒體的內膜上和基質中含有許多種與有氧呼吸有關的酶。一般的說，線粒體均勻地分布在細胞質中。但是，活細胞中的線粒體往往是可以定向移動到代謝比較旺盛的部位。肌細胞內的肌質體就是由大量變形的線粒體組成的，肌質體顯然有利于對肌細胞的能量供應。