組織芯片制備的技術路線和基本制作過程：
通過組織芯片制作機細針打孔的方法，從眾多的組織蠟塊（稱為供體蠟塊，donor）中采集到數十至上百的圓柱形小組織（組織芯，tissue core），并將其整齊排列另一空白蠟塊（稱為受體蠟塊，recipient）中，而制成組織芯片蠟塊。然后對組織芯片蠟塊進行切片，再將切片轉移到載玻片上制成組織芯片。
1.芯片微陳列設計：在構建組織芯片之前，應該預先計劃檢測多少樣本，然后相應地進行設計。對大多數研究來說，在一個常規的載玻片上放置60~100個樣本已經足夠了。當樣本超過100例時，上樣、切片、染色及研究各個步驟都要求相當熟練，并且由于樣本排列過于緊密，有可能導致芯片制作和研究失敗。因此在計劃檢測數百個到上千標本時可考慮多做幾個組織芯片。
2.收集病例及相關蠟塊：挑選出具有隨訪資料的不同發展階段的腫瘤組織蠟塊，根據HE切片對石蠟標本中有代表性的點進行標記，包括典型的腫瘤和相應的正常組織，以構建腫瘤組織芯片。
3.TMA受體蠟塊制備：取97.5克萊卡石蠟+2.5克蜂蠟（2.5%）混合，制成長36mm*寬26mm*高17mm的空白蠟塊，在該蠟塊20mm×16mm范圍內設計10×8點組織陳列。組織四周預留0.5cm-0.7cm空間，用組織儀打孔制成TMA蠟塊。
4.在組織芯片制作機上用細針對受體蠟塊打孔，孔徑以1~1.5mm比較適宜。
5.同樣在供體蠟塊上標記的相應部位打孔采集組織芯。孔徑同樣為1~1.5mm。
6.將組織芯轉移到受體模塊的孔中，每個組織芯之間的間距以0.2mm為佳。
7.為了防止在打點、切片、染色或免疫組化過程中出現漏點，滑片及掉片現象，每個樣本可以上樣1-2個點。
8.將構建好的TMA芯片蠟塊放在相宜的塑料盒子內，并嚴密固定防止移位。放入55℃溫箱中約10分鐘，在蠟將要完全溶解前，取出室溫下冷卻，使受體模塊的蠟與新插入的小圓柱狀組織溶為一體，取下蠟塊，于4℃冰箱中保存備用。
9.切片前，蠟塊需在4℃中預冷4h左右，然后夾在切片機上進行修正，等修到全部組織完整為止。用-20℃預冷冰袋貼在蠟塊上5-10min左右，快速連續切片30-50張左右，再用冰袋冷凍組織塊，或直接在冰凍切片機內進行，直至將組織切完為止。將4μm連續切片分別漂在涼水中，讓其自然展開，按順序將切片轉移至45℃的溫水中展片2min左右，將其貼在浸有APES切片黏合劑的載玻片上晾干，60℃中烤片3min左右，58℃中繼續烤片18h，-20℃保存備用。
組織芯片制備的技術關鍵
1.從供體蠟塊中采集組織芯時，由于外檢蠟塊采用普通石蠟，其韌性差、質地硬容易碎裂和使打孔針彎曲，所以要細心、耐心地采集組織芯，并可以將外檢蠟塊在37℃預熱后再采集。
2. 構建好的TMA芯片中，要使組織芯和受體蠟塊融合成一體，需要在55℃溫箱加溫。此時溫度、時間調控十分重要，既要使組織芯不易掉片、滑片，又要防止受體蠟塊融化移動組織芯位置。
3.載玻片的清潔和防止掉片處理亦是制作切片的關鍵不能忽視。
組織芯片受體蠟塊設計
備注：在第1行第1孔不需要取出石蠟芯，僅留記號作為芯片的起點標志。