真核生物的基因調控比原核生物復雜得多。這是因為這兩類生物在三個不同水平上存在著重大的差別：
①在遺傳物質的分子水平上，真核細胞基因組的DNA含量和基因的總數都遠高于原核生物，而且 DNA不是染色體中的唯一成分，DNA和蛋白質以及少量的RNA構成以核小體為基本單位的染色質；
②在細胞水平上，真核細胞的染色體包在核膜里面，轉錄和翻譯分別發生在細胞核和細胞質中,這兩個過程在時間上和空間上都是分開的,而且在轉錄和翻譯之間存在著一個相當復雜的 RNA加工過程；
③在個體水平上，真核生物是由不同的組織細胞構成的，從受精卵到完整個體要經過復雜的分化發育過程，除了那些為了維持細胞的基本生命活動所必需的基因之外，其他不同組織的細胞中的基因總是在不同的時空序列中被活化或受阻遏。與分化發育有關的基因調控機制是發生遺傳學研究的主要內容。
