細胞分裂素與植物的細胞分裂密切有關，研究發現在擬南芥的主根中，細胞分裂素并不直接影響根分生組織區中的細胞分裂，而是主要通過控制擬南芥主根分生組織區的細胞分化速度，來影響分生組織區的大小。
外源添加細胞分裂素,可以在不影響細胞分裂的情況下使主根的分生組織區變小;而部分參與細胞分裂素合成或信號轉導途徑的基因的缺失突變體,則表現出分生組織區增大的現象。
對于這些基因的表達形態分析和用組織特異方法降低細胞分裂素的實驗表明,細胞分裂素特異地作用于基部分生組織區的維管線織,通過影響一個由AHK3/ARR1、AHK3/ARR12組成的細胞分裂素信號通路,來控制所有其他組織中細胞的分化速度在擬南芥主根中,細胞分裂和細胞分化的平衡主要是由 SHORT HYOPCOTYL2(SHY2)基因通過聯結并調控生長素和細胞分裂素信號通路來實現的。
生長素通過誘導SHY蛋白的降解,來解除SHY2對于許多受生長素調節的基因的轉錄抑制,而SHY2蛋白的穩定性在shy2功能獲得型突變體中的增加,則可以抑制PIN基因的表達,并導致主根的分生組織區變小,表明生長素通過控制SHY2蛋白在主根中的豐度,來影響生長素在主根中的運輸與分布。