細胞分選儀通過磁珠分選的原理進行正選或者負選細胞，分選的細胞可立即用于流式細胞分析、功能性研究或下游分析，在短至25分鐘之內，可一次同時分選多個樣品；也可以同一個樣品中連續分選出不同類型的細胞，大限度地減少了樣品處理工作。
細胞分選儀比僅用于分析對樣本制備要求更高。需要在較短的時間內完成以確保分到高純度的活細胞同時要具備功能性如增殖、分泌細胞因子等。要求高品質的單細胞懸液以確保良好的雙聯體鑒別，并在分選過程中因發生沖突而丟棄的盡量少。
細胞分選儀對緩沖液的選擇分析：
處理哺乳動物細胞的常用培養基/緩沖液都是在1個大氣壓下使用的（實驗室工作臺上或CO2培養箱內），但在大多數細胞分選儀的分選倉內，壓力通常會超過2-4個大氣壓（具體取決于選擇噴嘴尺寸和分選條件）。
樣品分選緩沖液或分選收集緩沖液：DPBS或HBSS（去除Ca2+和Mg2+），均含10-25mM HEPES和蛋白質（通常為1-2％的熱滅活血清或BSA），以及最近的推薦使用BD FACS?Pre-Sort Buffer外加0.2-2％的蛋白質（濃度取決于應用）。不推薦RPMI或DMEM之類的碳酸氫鹽介質緩沖液。原因是：
1.與儀器上常使用的鞘液成分不同（碳酸氫鹽與磷酸鹽）；
2.設計上需要5％的CO2的環境來維持生理pH；
3.通常包含二價陽離子（Ca2+和Mg2+）和苯酚（高熒光背景）。若必須使用碳酸氫鹽介質，則應不含酚無Ca2+或Mg2+，或在25 mM的HEPES和蛋白質基礎上添加~1 mM EDTA來減少二價陽離子副作用（使細胞“發粘”）。據報道，HEPES緩沖的碳酸氫鹽培養基對光敏感109，通常流式樣本均需避光放置。
