衛星DNA按其浮力密度的大小可以分成I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四類，其浮力密度分別是1．687，1．693，1．697和1．700g/cm3。各類衛星DNA都是由各種不同的重復序列家族所組成。
衛星DNA通常是串聯重復序列。衛星DNA按其重復單元的核苷酸的多少，可以分為兩類。一類是小衛星DNA(minisatelliteDNA），由幾百個核苷酸對的單元重復組成。另一類是微衛星DNA(microsatelliteDNA），由2個到20個左右的核苷酸對的單元重復成百上千次所組成。
衛星DNAI家族由42bp的單元組成，其中17bp(ACATAAAATATAAAGT）為可變區，25bp(ACCCAAAAAGTTATTATATACTGT）為重復單元。衛星DNAⅡ家族是保守性差的ATTCC重復。
衛星DNAⅢ是較保守的ATTCC重復，且與10bp的序列（ATCGGGTTG）相間分布。衛星DNA還有另一些分類的名稱，如α衛星DNA是靈長類特有的單元為171bp的高度重復序列，最初是在非洲青猴基因組中發現，已經確定分布在人染色體的著絲粒區。β衛星DNA家族是單元為68bp的串聯重復序列，富含GC。γ衛星DNA是220bp的串聯重復。第Ⅳ類衛星DNA稱為隱藏的衛星DNA(cryptilsatellite）。
這是包含了多種串聯重復序列的DNA分子，離心時并不像衛星DNA那樣也分開，但它的屬性卻類似衛星DNA。衛星DNA位于有重要功能的真核染色體的著絲粒和端粒上。