細胞器（英語：organelle，或稱胞器）是細胞中具有功能的組成部分。在細胞生物學中，細胞器是細胞中擁有特定功能的一個特殊的亞細胞結構。細胞器的名稱來源于這些部分就如同身體中的器官一樣。細胞器要么被它們自己的生物膜包裹（這類細胞器也稱為膜結合細胞器），或者獨立存在于細胞之中不被膜包裹（非膜結合細胞器）。雖然大多數細胞器是細胞內的功能單位，但一些延伸到細胞外的功能單位，例如纖毛、鞭毛和古細菌，以及毛囊，通常情況下也被我們稱為細胞器。
一個典型的動物細胞。在細胞質中，主要細胞器和蜂窩結構包括： （1）核仁 （2）細胞核 （ 3） 核糖體 （4）囊泡 （5）粗面內質網 （6）高爾基體 （7）細胞骨架 （8）滑面內質網 （9）線粒體 （10）液泡 （11）胞漿 （12）溶酶體 （13）中心粒。
細胞器存在于細胞質基質之中，細胞器與細胞質基質和細胞骨架統稱為“細胞質”。