為了削減污染對細胞培育的影響，有必要樹立細胞凍存庫。細胞凍存庫應該分主細胞庫（Master cell bank，MC和作業細胞庫（Working cell bank，WC，當需求做試驗時從主細胞庫中復蘇細胞樹立作業細胞庫。每一個凍存標本都應明確記載細胞的性質、代數及有無污染。一起還應樹立標準的檢測程序進行菌檢及細胞判定。
為了確保培育細胞系的完整性，有必要進行具體的試驗記載，應包括以下內容:細胞系的品種及來歷、有無污染（如細菌，病毒，支原體）、細胞代數和倍增時刻、以及挑選性驟變。具體的記載有利于對細胞的遺傳及生理特性在慣例傳代培育中因驟變、污染及各種原因導致的改動進行剖析。經過接連傳代培育的細胞與它較早代數的凍存細胞比較，跟著培育時刻的延伸，細胞在適應環境的過程中，其生物特性已發作了改動。培育的細胞由若干成長速度及生機各異的亞群組成。跟著培育時刻的延伸成長速，度快及生機高的細胞亞群逐漸占優勢這種挑選性，趨勢會影響整個細胞群的生物特性。應用不同代數的細胞接連進行試驗則結果會發作誤差。樹立細胞凍存庫就能防止這種影響經過復蘇相同代數的細胞，人們就能在較為均一的條件下重復試驗。
細胞培育作業需求清潔，堅持杰出的環境及標準的操作程序。超凈作業臺是細胞培育中遍及運用的無菌操作設備，它需求合理的安置及經常性的保護。超凈作業臺的作業原理是驅動經濾菌凈化后的空氣，經過作業臺面構成氣流屏障，然后阻撓外界污染物的侵入并使操作過程中發作的飛沫約束在超凈作業臺中。由于操作過程中可能產生有毒的物質，所以采用垂直氣流比水平氣流安全。
當進行移液，傾倒液體的操作過程會發作飛沫并堆積在超凈作業臺內物體的外表。超凈作業臺的氣流并不能阻撓飛沫的發作，飛沫會跟著氣流的方向飄浮。超凈作業臺不合理的放置、不恰當的保護以及不標準的運用會破壞超凈作業臺氣流的方向導致飛沫更廣泛的堆積。酒精燈的火焰、操作者的活動、說話、咳嗽及打噴嚏都有可能影響氣流。飛沫的堆積是導致超凈作業臺內物品污染的主要因素形成潛在污染的進一步傳達。因此為削減穿插污染的發作，應盡可能削減超凈作業臺內的物品。不同細胞系以及同一個試驗室不同操作者所運用的培育試劑一定要分隔運用，如胰酶、培育液等。不然，一個操作者的失誤可能引起一切細胞發作污染。
