一、狹線印跡的制備
1. 如果用的是環狀質粒 DNA，用適當的限制酶使 DNA 探針線性化。每個狹線需用 5 μg DNA。
2. 往線性 DNA 溶液中加氫氧化鈉至 0.1 mol/L，混勻，室溫放置 30 分鐘使 DNA 變性。加 1.5 倍體積 6xSSPE 置于冰上中和。中和后的 DNA 濃度應接近于 10 μg/ml。
3. 按說明書裝配印跡裝置，往狹線印跡裝置的加樣孔內加 0.5 ml（5 μg）已中和的變性 DNA，30 秒內以足夠的真空抽干加樣孔。
4. 以同樣的真空條件，用 0.5 ml 6xSSPE ( 或說明書推薦的合適的鹽溶液）洗滌加樣孔兩次。
5. 取出濾膜，用鉛筆或記號筆在狹線處做上記號，然后依照說明書將 DNA 交聯在濾膜上。
二、細胞核連綴反應產物的雜交分析
1. 每 100 cm2 濾膜加 20 ml 預雜交緩沖液，于 37℃ 預雜交 4~18 小時。
2. 加熱溶于 TE 緩沖液的標記的核 RNA 至 65℃ 以破除二級結構，然后制備雜交溶液。標記 RNA 的用量取決于濾膜的表面積。
3. 倒去預雜交液，加入最小量的雜交緩沖液（即 3~5 ml/100 cm2 膜表面積）。
4. 37℃ 雜交。
5. 孵育結束后，除去雜交液，將濾膜放入清洗容器。
6. 用大量（每次 200 ml）逐漸嚴緊的系列緩沖液沖洗來結合的標記 RNA。緩沖液使用次序如下：
1x SSPE，0.2% SDS，60℃，4 次，每次 15 分鐘；
0.2x SSPE，0.2% SDS，60℃，2 次，每次 15 分鐘；
2x SSPE，室溫，2 次，每次 15 分鐘；
2x SSPE，10 mg/ml RNA 酶A，37℃，30 分鐘；
2x SSPE，0.2% SDS，37℃，2 次，每次 10 分鐘。
7. 沖洗與 RNA 酶 A 處理后，將濾膜放在干凈的 Whatman 濾紙上吸干，蓋上塑料薄膜，然后放射自顯影或磷光成像。
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