念珠菌污染呈鏈狀排列，呈卵圓形散在細胞周邊和細胞之間。
圖5 白色念珠菌污染 常見的細胞污染之一，左側為倒置顯微鏡下視圖，右側為革蘭氏染色圖片，其中，長梭型的是處于分裂期的鏈珠菌
酵母污染很容易觀察到，培養物變渾濁，尤其在后期。一般pH值變化很小，嚴重時，pH值升高。顯微鏡下呈卵圓形或球形顆粒，有些會芽生較小顆粒。
圖6 酵母菌污染
3.支原體污染
支原體是一類無細胞壁、大小介于細菌和病毒之間（直徑在0.13～0.18 μm）并獨立生活的微生物，可穿過0.22 μm 的孔徑濾膜！光鏡下難以看清它的形態結構！并對青霉素有抗藥性！簡直就是細胞培養界的隱性殺手有木有！
主要來源：血清
特點：支原體污染不能用肉眼或光學顯微鏡檢查細胞觀察出來，帶有一定的隱蔽性，易被人們忽視。當細胞被支原體污染后，在光鏡下常可見到細胞核及胞漿內出現大小不等的顆粒或空泡，細胞營養液可能毫無變化，短期內細胞沒有明顯的病理變化，也可以因為傳代或換液而緩解。只有當污染嚴重時才影響細胞增殖，使細胞脫落。支原體可以與宿主細胞形成一個共生關系，使污染不斷擴大。一旦發生支原體污染，支原體可以通過移液、傾倒液體時產生具有潛在感染力的飛沫和吸附的塵埃，沉積在物體表面。這種污染性塵埃能存活數天甚至數周，使操作環境受到污染，若不及時處理還會產生交叉污染或再次污染。
檢測：常用的檢查方法為培養檢測法，即取1mL細胞培養液加入支原體液體培養基中，培養5天后，觀察培養基的顏色變化。如果變黃則懷疑該細胞受到支原體污染。如果不變色，則盲傳一代。若顏色變黃，可接支原體固體培養基，于5%CO2培養箱中培養3～5天，觀察有無“煎蛋”狀支原體菌落。一旦發生污染即淘汰該細胞和培養液。
圖7 支原體污染 煎蛋狀和其他形狀，左側：電鏡照片(×30k)； 右側：電鏡照片（×12k）
此外，支原體污染還可用熒光染色法和相差顯微鏡觀察法等檢測方法,或者直接購買支原體檢測試劑盒進行檢測。
4.黑膠蟲污染
黑蛟蟲是一種生物還是非生物，學術界還有爭論。可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播。
主要來源：血清
特點：開始污染時對細胞無影響，當數量達到一定程度時就會對細胞產生影響。400倍顯微鏡下可見點狀或片狀游動小體。，培養液也是不渾的，一般不會太影響，細胞還是可以用的。常常是細胞生長狀態良好，且觀測到的運動物無明顯增多，且培養液顏色、透明度無明顯變化，可在同一批號的血清養的細胞中發現類似現象。對細胞生長狀態不會有明顯影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除更換血清外無須特殊處理。
5.病毒污染
盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但生產疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細胞大量生產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。
主要來源：動物血清或者細胞系，常見于雜交瘤細胞。
特點：極為隱蔽，很難用常規的方法檢測到。受病毒污染的細胞液通常清亮無變化，大多數受病毒污染的細胞不會產生形態變化及細胞病理現象，少部分病毒會造成細胞變圓、腫脹，脫落。
檢測：可用血細胞吸附試驗、免疫熒光抗體法及電子顯微鏡法有效檢出病毒。通常病毒物污染的清除是十分困難的，可以重新引入高質量的細胞株。