外源基因進入細胞主要有四種方法：電擊法、磷酸鈣法、脂質體介導法和病毒介導法。
電擊法是在細胞上短時間暫時性的穿孔讓外源質粒進入；
磷酸鈣法和脂質體法是利用不同的載體物質攜帶質粒通過直接穿膜或者膜融合的方法使得外源基因進入細胞；
病毒法是利用包裝了外源基因的病毒感染細胞的方法使得其進入細胞。
但是由于電擊法和磷酸鈣法的實驗條件控制較嚴、難度較大；
病毒法的前期準備較復雜、而且可能對于細胞有較大影響；
所以現在對于很多普通細胞系，一般的瞬時轉染方法多采用脂質體法。
利用脂質體轉染法最重要的就是防止其毒性，因此脂質體與質粒的比例，細胞密度以及轉染的時間長短和培養基中血清的含量都是影響轉染效率的重要問題，通過實驗摸索的合適轉染條件對于效率的提高有巨大的作用。