該方法的主要靶標物質是細胞、細菌或病毒等，操作過程中采用離心、沉淀的方法分離去除未結合適配體，再通過熱解離或酶切作用獲得特異性適配體序列。Liang 等針對感染狂犬病毒的活細胞，應用 Cell-SELEX 經過35 輪重復篩選獲得了 5 條 DNA 適配體。病毒效價測定與實時定量反轉錄 PCR 實驗均表明篩選獲得的 5 條適配體能夠抑制狂犬病病毒的復制，為狂犬病感染的治療提供了一種可能性。Ninomiya等應用 Cell-SELEX 經過 11 輪重復篩選，獲得12條與人類肝癌細胞HepG2 特異性結合的高親和力適配體，其解離常數范圍為19-450 nM。作者分析獲得 12 條適配體共有的二級結構，這與 HepG2識別密切相關。該方法可以在靶標性質不明確、結合位點未確定的情況下進行篩選，并且無需制備靶標的復雜過程。