1.腎結核
以血尿為主，膀胱刺激征（尿頻、尿急、尿痛）更加明顯，尿沉渣可找到抗酸桿菌，靜脈腎盂造影可發現腎結核的影像特征。
2.慢性腎炎
腎炎患者有血尿、蛋白尿、水腫、高血壓和腎功能損害等臨床表現，應仔細鑒別。
3.全身感染性疾病
全身癥狀突出而膀胱刺激征不明顯的尿路感染易被誤診為全身感染性疾病，應詳細詢問病史（有無糖尿病、各種免疫功能低下的慢性疾病等），及時做尿常規、血培養及中段尿培養進行鑒別。
4.前列腺炎
男性患者應與前列腺炎相鑒別，前列腺炎可有尿頻、尿急和尿痛，尿液檢查可有白細胞和紅細胞，二者易混淆，一般根據病史、癥狀、體征、前列腺液和B超檢查可進行鑒別。
