一、基本原理
芽孢染色法是利用細菌的芽孢和菌體對染料的親合力不同的原理，用不同染料進行著色，使芽孢和菌體呈不同的顏色而便于區別。芽孢壁厚、透性低，著色、脫色均較困難，因此，當先用一弱堿性染料，如孔雀綠（malachite green）或堿性品紅（basicfuchsin）在加熱條件下進行染色時，此染料不僅可以進入菌體，而且也可以進入芽孢，進入菌體的染料可經水洗脫色，而進入芽孢的染料則難以透出，若再用復染液（如番紅液）或襯托溶液（如黑色素溶液）處理，則菌體和芽孢易于區分。
二、器材
枯草芽孢桿菌，蠟狀芽孢桿菌（Bacillus cereus），生孢梭菌（Clostridium sporogenes）；
孔雀綠染液，番紅水溶液，苯酚品紅溶液，黑色素溶液等。
三、操作步驟
方法1、
（1）將培養24小時左右的枯草芽孢桿菌或其他芽孢桿菌，作涂片、干燥、固定。
（2）滴加3—5滴孔雀綠染液于已固定的涂片上。
（3）用木夾夾住載玻片在火焰上加熱，使染液冒蒸汽但勿沸騰，切忌使染液蒸干，必要時可添加少許染液。加熱時間從染液冒蒸汽時開始計算約4—5分鐘。這一步也可不加熱，改用飽和的孔雀綠水溶液（約7．6％）染10分鐘。
（4）傾去染液，待玻片冷卻后水洗至孔雀綠不再褪色為止。
（5）用番紅水溶液復染1分鐘，水洗。
（6）待干燥后，置油鏡觀察，芽孢呈綠色，菌體呈紅色。
方法2、
（1）取二支潔凈的小試管，分別加入0．2ml無菌水，再往一管中加入1—2接種環的蠟狀芽孢桿菌的菌苔，另一管中加入1—2接種環的生孢梭菌的菌苔，兩管各自充分混合成濃厚的菌懸液。
（2）在菌懸液中分別加入0．2ml苯酚品紅溶液，充分混合后，于沸水浴中加熱3—5分鐘。
（3）用接種環分別取上述混合液2—3環于兩片載玻片上，涂薄，風干后，將載玻片稍傾斜于燒杯上，用95％乙醇沖洗至無紅色液流出。
（4）再用自來水沖洗，濾紙吸干。
（5）取1—2接種環黑色素溶液于涂片處，立即展開涂薄，自然干燥后，油鏡觀察，在淡紫灰色背景的襯托下，菌體為白色，菌體內的芽孢為紅色。