細菌DNA提取方案：革蘭氏陰性菌，如E.coli，一般有三種可以選擇的方法。
一、水煮模板法——主要用于PCR反應
1、接種單菌落于LB或腦心平板，連續畫線，37攝氏度培養18－24小時。
2、刮取1～2接種環菌苔加入150微升三蒸水中，混勻，100攝氏度煮沸10分鐘。
3、12000轉/分鐘 離心10分鐘，取上清，－20攝氏度保存備用。
操作最簡便，對試劑條件要求低。缺點是純度不夠高，可能會含有RNA、蛋白等雜質。但是作為一般檢測目的的PCR反應模板已經足夠了。
有人稱擴增4kb以下片段都可用此種方法制取模版，編者用此類模板PCR可以擴增到3500bp的片段。編者建議：此法得到的模版保存時間短，強烈建議每月重新制作一次。
二、CTAB/NaCl 法
1、接種一單菌落于5mlLB中,30℃培養過夜,
2、取1ml種子培養液接入100ml2%LB中,37℃、220r/min培養16小時;
3、5000r/min離心10分鐘,棄去上清。
4、加入10mlTE離心洗滌后,用10mlTE溶解菌體,混勻,-20℃保存備用。
5、取3.5ml菌懸液,加入184μl10%SDS,混勻,加入37μl10mg/ml蛋白酶K,混勻,37℃溫育1小時
6、加入740μl5mol/LNaCl,再加入512μlCTAB/NaCl,混勻,65℃溫育10分鐘。
7、加入等體積的氯仿/異戊醇,混勻,10000r/min離心5分鐘,保留上清。
8、上清中加入等體積的酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1),混勻,10000r/min離心5分鐘,保留上清。
9、加入0.6倍的異丙醇,混勻,10000r/min離心5分鐘,收集DNA沉淀,用70%乙醇離心洗滌DNA沉淀。
10、用1mlTE溶解DNA,加入終濃度為20μg/mlRNaseA,4℃保存。
CTAB/NaCl法提取的DNA純度較高，蛋白雜質較少，保存時間長，編者更喜歡把終濃度為20μg/ml RnaseA加在第5步溫育的時候，這樣最后沒有RnaseA污染。每一步操作細致一些，得到的DNA可用于Southern blot。
編者建議：長時間保存DNA可放于-20℃，但要盡量減少反復凍融，否則影響DNA質量。
三、鹽析法
1、1.5ml對數期菌液
2、12000rpm 30 s
3、200ul裂解液（同CTAB/NaCl法），37c,1hr
4、66ul 5M NaCL,混勻充分，12000rpm 10min
5、上清用粗槍頭取至新管
6、等體積酚充分混勻，12000rpm 3min，反復抽提至無蛋白層
7、取水層，等體積氯仿混勻，12000rpm 3min
8、上清至新管，2倍體積預冷無水乙醇
9、-20C，20min，14000rpm， 15min
10、400ul 70%冷乙醇洗滌
11、干燥，100ul 20ug/ml RNaseA，37C，30min
12、2倍體積無水乙醇沉淀，70%冷乙醇洗滌
13、干燥，溶于100ul TE
介于方法一和方法二之間，CTAB雖然取出糖分效果較好，但CTAB本身也是有毒的，所以此方法放棄了CTAB。
革蘭氏陽性菌，由于細胞壁的結構與陰性菌有差別，裂解比陰性菌稍微麻煩一些，可以采取CTAB/NaCl法稍加修改，在第四步加入終濃度2mg/ml的溶菌酶，37度溫育1h。
實驗注意：提基因組最好要將槍頭尖剪掉（剪掉以后在酒精燈上迅速過一下，使其斷口圓滑）。以免槍頭損傷基因組！抽干時最好是風干！
較精細的實驗，如Southern，強烈推薦用試劑盒！