自起始密碼至終止密碼的一般DNA序列稱為編碼區。編碼區含有若干段編碼/頃序，是該基因表達為多肽 鏈的部分，稱為外顯子。外顯子是不連續的，其間有不編碼的間隔順序隔開，間隔順序稱為內含子。轉錄后的內含子順序，在初級轉錄物加工時被切掉；因此，結構基因又稱為不連續基因或斷裂基因。如果一個結構基因含有n個內含子，那么，將含有n+1個外顯子，但內含子的核苷酸的數量可比外顯子多許多倍，也有少數真核生物的結構基因沒有內含子，如組蛋白基因、干擾素基因等。
每個外顯子和內含子的接頭區有一段高度保守的序列，即內含子5’端以GT開始，3’端以AG結束，這種結構稱為GT—AG法則。轉錄后，GT、AG在hnRNA上的相應序列是RNA畫按的識別信號。