本菌對化學藥物的抵抗力比一般革蘭氏陰性菌強大。1：2000的洗必太，度米芬和新潔爾滅，1：5000的消毒凈在5分鐘內均可將其殺死。0.5-1%醋酸也可迅速使其死亡。有些菌株對磺胺,鏈霉素,氯霉素敏感，但極易產生耐藥性。青霉素對此菌無效，但慶大霉素和多粘菌素B，E，氨基甙類、第三和第四代頭孢菌素（頭孢哌酮、頭孢他定、頭孢匹羅、頭孢唑南等，后兩種為三線抗菌藥物，應慎用）等抗生素作用較明顯，一些半合成的青霉素類抗生素，比如阿洛西林和哌拉西林對綠膿桿菌也有很強的抗菌作用，其有效率約為80%。磷霉素對其也有效，但效果不如以上的抗生素。聯合用藥可減少耐藥菌株的產生。綠膿桿菌是院內感染的常見病原菌，所以消毒措施對預防感染有重要作用。由于綠膿桿菌菌型多，與毒力有關的物質也有多種，因此理想的菌苗仍在研制之中。