1.繼發性肝癌
肝臟血源豐富，其他癌腫可轉移至肝臟，繼發性肝癌多由胃，肺，結腸，胰轉移而來，大多為多發性結節，臨床表現以原發癌表現為主，少數可僅有繼發性肝癌的征象，如肝大，肝結節，肝區痛，黃疸等，血清AFP多呈陰性。
2.肝硬化
原發性肝癌多發生在肝硬化的基礎上，二者的鑒別常有困難，肝硬化病情發展較慢有反復，肝功能損害較顯著，血清AFP可有一過性增高，常伴有轉氨酶顯著升高，而肝癌血清AFP持續上升，往往超過500μg/ml，此時與轉氨酶下降呈曲線分離現象。
3.肝膿腫
一般有明顯炎癥的臨床表現，發熱，肝區疼痛，壓痛明顯，查體：肝臟腫大，表面平滑無結節，觸痛明顯，右上腹有肌緊張，白細胞計數升高，超聲可見肝內液性暗區，但當膿液稠厚，尚未形成液性暗區時，診斷較困難，應反復做超聲檢查，必要時在超聲引導下，或在壓痛最明顯部位作診斷性穿刺。
4.肝非癌性占位性病變
如肝血管瘤，肝囊腫，肝包蟲病等，超聲，CT，MRI等影像學檢查有助于區別腫物的性質，目前與小肝癌相混淆的肝臟良性病變，如腺瘤樣增生，肝硬化再生結節，局灶性結節性增生等鑒別尚有一定困難，定期隨訪，必要時可做超聲引導下穿刺活檢可助診斷，鑒別困難時，可剖腹檢查。