IBD的病因和發病機制迄今尚未完全明確。目前認為本病是由多因素相互作用所致的腸道免疫炎癥性疾病,發病機制假設是環境因素作用于易感人群,使腸道免疫炎癥反應過度亢進導致炎癥病變與組織破壞。
UC和CD均有腸外表現,并且發病的人口分布及流行病學表現相似,提示可能是同一種疾病的不同表現形式,但在病變好發部位、病理組織學及免疫學表現上二者存在差異,提示可能是機體對不同致病因素刺激所產生的具體發病環節存在不同,最終導致組織損害的表現不同。