反應的控制
PCR反應的緩沖液 提供合適的酸堿度與某些離子
鎂離子濃度 總量應比dNTPs的濃度高，常用1.5mmol/L
底物濃度 dNTP以等摩爾濃度配制，20～200umol/L
TaqDNA聚合酶 2.5U(100ul）
引物 濃度一般為0.1 ～ 0.5umol/L
反應溫度和循環次數
變性溫度和時間 95℃，30s
退火溫度和時間 低于引物Tm值5 ℃左右，一般在45～55℃
延伸溫度和時間 72℃，1min/kb(10kb內）
Tm值=4(G+C) +2(A+T)
循環次數 ：一般為25 ～ 30次。循環數決定PCR擴增的產量。模板初始濃度低，可增加循環數以便達到有效的 擴增量。但循環數并不是可以無限增加的。一般循環數為30個左右，循環數超過30個以后，DNA聚合酶活性逐漸達到飽和，產物的量不再隨循環數的增加而增加，出現了所謂的“平臺期”。