根據膿腫的病變部位不同，其臨床表現也不同：
1.肛門周圍膿腫
肛門周圍皮下膿腫最常見，常位于肛門后方或側方皮下部，一般不大。疼痛、腫脹和局部壓痛為主要表現。全身感染性癥狀不明顯。
2.坐骨肛管間隙膿腫
又稱坐骨直腸窩膿腫，由于坐骨直腸間隙較大，形成的膿腫亦較大而深。發病時患側出現待續脹痛，逐漸加重，繼而為待續性跳痛，排便或行走時加劇。全身感染癥狀明顯，發熱為最常見的臨床癥狀。早期局部體征不明顯，以后出現肛門患側紅腫，局部觸診或肛門指診時患側有深壓痛，甚至波動感。
3.骨盆直腸間隙膿腫
由于此間隙位置深、空間大，引進的全身癥狀較重面局部癥狀不明顯。早期就有全身中毒癥狀，如發熱、寒戰、全身疲倦不適。局部表現為直腸墜脹感，便不盡感。直腸指診可在直腸壁上觸及腫塊隆起，有壓痛和波動感。診斷主要靠穿刺抽膿，必要時做直腸超聲或CT檢查予以證實。
