1.按感染病菌分類
（1）非特異性肛周膿腫 由大腸埃希桿菌、厭氧菌等混合感染引起。
（2）特異性感染 臨床較為少見，以結核性膿腫為主。
2.按膿腫部位分類
（1）肛提肌下膿腫（低位膿腫） 包括肛周皮下膿腫、坐骨直腸間隙膿腫、低位馬蹄形膿腫等。
（2）肛提肌上膿腫（高位膿腫） 包括骨盆直腸間隙膿腫、直腸后間隙膿腫和高位馬蹄形膿腫等。
3.按膿腫的最后結局分類
（1）非瘺管性膿腫 凡與肛竇、肛腺無關，最終不殘留肛瘺者，均屬非瘺管性膿腫。
（2）瘺管性膿腫 即為經肛竇、肛腺感染而致，最后遺留肛瘺者。
