（1）肝硬化的病理改變：為肝臟明顯縮小，硬度增加，重量減輕，肝表面呈彌漫性細結節。組織學改變，正常肝小葉結構消失，被假小葉替代，假小葉內的肝細胞可呈現不同程度的變性、壞死和再生。匯管區因結締組織增生而顯著增寬，其中可見程度不等的炎性細胞浸潤，并見多數呈小膽管樣結構（假膽管）。電鏡觀察證明，這些假膽管實際上是由新生的肝細胞構成，可能是肝細胞再生的一種表現和腎鈣質沉著引起的腎結石。
（2）肝硬化腎損害：本病的特征性病理改變有：
①系膜基質增寬，并可插入GBM與內皮細胞間呈雙軌征，產生類似GBM增厚樣變化。
②系膜區有彌漫性以IgA為主的沉積，伴IgG和（或）IgM和（或）C3沉積。
③在腎小球系膜區和（或）毛細血管壁有電子致密物沉積。
④基底膜樣物質和某些沉積物中可見圓形疏松區。
⑤腎小球硬化。
此外，不少作者還觀察到肝硬化患者可表現為膜性腎病、毛細血管內增生性腎炎、膜增生性腎炎、新月體性腎炎及局灶性腎小球硬化等類型。也曾有作者報道膽汁性肝硬化患者表現為IgM相關性膜性腎病和皮膚血管炎。