此類溶酶體內除含有水解酶外,還含有相應的作用底物,以及由此形成的消化產物。由于所含底物的不同和消化程度的差異,構成了次級溶酶體形態的多樣性。根據消化底物來源的不同,又可將次級溶酶體分為自生性、異生性和兼性三種。未被消化的物質殘存在溶酶體中形成殘質體,又稱后溶酶體。