腸道感染：一些急性胃腸炎后，患者可能會出現腸易激綜合征，可能與炎癥細胞因子釋放后導致的腸道功能紊亂有關。
精神心理障礙：多項研究證實，腸易激綜合征患者容易出現焦慮、抑郁、恐懼等癥狀，面對外界刺激時，反應會更加強烈。
遺傳因素：部分患者具有遺傳易感性，但具體的遺傳機制尚未明確。
食物因素：食物與腸易激綜合征的關系尚未明確，但確實有部分患者表示進食某些食物后癥狀加重。
腸道菌群失衡：患者的腸道菌群不同于健康人群，且因癥狀不同而不同，例如：腹瀉型患者的乳酸菌、雙歧桿菌數量顯著減少，而便秘型患者的韋榮球菌數量增加。
內分泌因素：性激素可對胃腸功能產生一定影響，例如雌激素、孕激素可增加腸道敏感性，雌激素還可抑制結腸平滑肌收縮、讓胃腸轉運延遲。