糞便檢查是診斷寄生蟲病的常用方法，也是常規的一項實驗室檢查。腸道寄生蟲病的診斷多依靠在糞便中找到蟲卵、原蟲滋養體和包囊，找到這些直接證據就可以明確診斷為相應的寄生蟲病和寄生蟲感染。糞便檢查看似惡心，但是在很多方面有其獨到之處。一些腹瀉的患者經過糞便檢查可能很容易做出最初的病因診斷，幫助我們確定到底是寄生蟲感染還是一些特殊的致病原感染。
人芽囊原蟲
人芽囊原蟲（Blastocystis hominis）是自然界廣泛存在的人畜共患寄生蟲之一，于1912年首次從人類糞便中分離出來，并曾經被認為是寄生在人體腸道的一種非致病性酵母菌[2]，1967年Zierdt等將其歸為原蟲，并認為人芽囊原蟲可能與消化道疾病有關[3]，之后人芽囊原蟲逐漸引起人們的重視。人芽囊原蟲主要通過糞-口途徑傳播，飲用水來源、衛生條件、經濟發展水平以及氣候等因素等都是影響人感染人芽囊原蟲的重要因素。人芽囊原蟲是腸道寄生原蟲，在發展中國家的感染率為30％-50％，而在發達國家的感染率為1.5％-10％[4]。Hayashi等[5]研究發現，住院患者，特別是免疫力低下的，如經常做透析或化療的患者，要警惕人芽囊原蟲的感染。人芽囊原蟲呈圓形或橢圓形，有時具有不規則邊緣，包含占據幾乎整個細胞的一個大液泡，壓縮的細胞質在其周圍形成顆粒狀環。如下圖所示：
藍氏賈第鞭毛蟲
藍氏賈第鞭毛蟲是是腸道中最常見的鞭毛蟲，在被感染的人或動物的糞便、污染的表面上或土壤，食物或水中可發現藍氏賈第鞭毛蟲。藍氏賈第鞭毛蟲受到外殼的保護，使其能夠在體外存活較長時間，并耐受氯消毒。雖然寄生蟲可以以不同的方式傳播，但飲用水和娛樂用水是最常見的傳播方式。它可導致旅行者腹瀉。藍氏賈第鞭毛蟲有兩個診斷階段：包囊長度為11-14μm的橢圓形，寬度為7-10μm，具有4個核和殘余鞭毛，它是感染階段。滋養體被描述為具有“淚滴”形狀，并且長10-20μm，寬5-10μm。滋養體含有兩個核，四對鞭毛。如果大便樣品是新鮮的，檢查時看到包囊階段或滋養體階段即可診斷。
藍氏賈第鞭毛蟲包囊
藍氏賈第鞭毛蟲滋養體
球蟲
球蟲，可能是男性寄生蟲，一般不會引起顯著的致病作用，它們在糞便中以類似于包囊的形式出現，稱為卵囊或孢子囊，呈細長的橢圓形。球蟲能引起家畜、家禽、野生動物和人體的球蟲病，隨著對這類寄生蟲病的深入研究和認識，其重要性日益顯示出來[6]。人或動物可因食入受卵囊污染的食物和水而感染球蟲[7]。在糞便排泄時，卵囊是不成熟的，通常只含有一個細胞（有時兩個）。在排泄后進一步成熟，成孢子細胞分成兩個（卵囊含有兩個細胞）。成孢子細胞分泌囊腫壁，從而成為孢子囊；并且孢子被分裂兩次，導致每兩個孢子囊中有四個子孢子。感染是通過攝入成熟（完全形成孢子的）卵囊而發生。
隱孢子蟲
隱孢子蟲也稱為crypto[8]，是由隱孢子蟲屬（Cryptosporidium）引起的寄生蟲病。它影響遠端小腸，并且可以在免疫活性和免疫受損的個體個體中影響呼吸道，導致水性腹瀉，其具有或不具有不明原因的咳嗽[9]。在免疫受損的個體中，癥狀特別嚴重并且可能是致命的。它主要通過糞-口服途徑傳播，通常通過污染的水[10]。最近的證據表明，它也可以通過呼吸道分泌物中的嘔吐物傳播[9]。隱孢子蟲是在腹瀉的HIV陽性患者中最常見的生物體，盡管直到1976年才被確定，但它是最常見的水源性疾病之一，并且在世界各地被發現。寄生蟲通過環境上堅硬的微生物孢囊（卵囊）傳播，一旦攝入，卵囊內的子孢子就會脫離（即被釋放）并導致腸上皮組織的感染。隱孢子蟲是一種人獸共患寄生蟲病，主要通過糞便中的隱孢子蟲卵囊污染食物、飼料和飲水而傳播。人隱孢子蟲病主要是由微小隱孢子蟲(Cryptospordium parvum)引起[11]，由于隱孢子蟲種類較多，蟲體小，光鏡下缺乏明顯形態特征。
Ziehl-Neelsen染色，粉紅色卵囊，卵囊大小5微米
隱孢子蟲卵囊
隱孢子蟲卵囊改良抗酸染色
阿米巴包囊及滋養體
阿米巴病是一種通過糞便中的包囊傳播的腸道感染性疾病。癥狀包括發熱、寒戰、腹瀉，有時引起出血、粘液及腹部絞痛。有些人可能只有輕微的腹部不適感或根本就沒有癥狀。癥狀在感染后2周或以后開始。罕見的滋養體（有活動力的阿米巴）可以侵及肝、肺、腦，或引起腸穿孔而導致敗血癥。碘涂片顯示溶組織內阿米巴包囊內含有4個核。結腸內阿米巴有較大的包囊，包囊內有8個核。溶組織內阿米巴（Entamoeba histolytica）是一種厭氧的原生動物，屬于內阿米巴屬[12]。主要感染人類和其他靈長類動物，估計感染全球總人數約為50萬人。許多較早的教科書指出，總計有10%的世界人口被感染，但是后來認識到，這些感染者至少有90%是由于另一個種E.dispar引起的[13]。其活動階段只存在于宿主和新鮮松散糞便中。包囊存活在宿主體外的水、土壤和食物中，尤其在潮濕環境中的后者。包囊很容易被高溫和凍結溫度殺死，在宿主體外只能存活幾個月[14]。溶組織內阿米巴包囊平均12微米，從5-20微米不等，核與滋養體的核外形相似，包囊內可以有碘染色的糖原體和有著光滑邊界的濃染體。結腸內阿米巴(Entamoeba coli Grassi)是人體腸道常見的共棲原蟲，常與溶組織內阿米巴共同存在。其形態與溶組織內阿米巴相似，滋養體直徑為15-50mm，核內含大而偏位的核仁和大小不一、排列不齊的核周染色質粒，胞質內含顆粒、空泡和食物泡，多含細菌但不含紅細胞。包囊較溶組織內阿米巴的大，直徑為10-35mm，核1-8個，成熟包囊偶可超過8個核。未成熟包囊內含糖原泡和草束狀的擬染色體。
溶組織內阿米巴包囊
溶組織內阿米巴滋養體