根據可培養細菌的數量分類在腸道菌群中,可以培養到的細菌有400余種,依據其數量多少可以分為主要(優勢)菌群(predominant microflora)和次要菌群(sub—dominant microflora)。
①主要(優勢)菌群：指腸道菌群中數量大或種群密集度大的細菌,一般在10～10cfu/g以上,包括類桿菌屬、優桿菌屬、雙歧桿菌屬、瘤胃球菌屬和梭菌屬等專性厭氧菌,通常屬于原籍菌群。優勢菌群是對宿主發揮生理功能的菌群,在很大程度上影響著整個菌群的功能,決定著菌群對宿主的生理病理意義。
②次要菌群：數量在10～10cfu/g以下,主要為需氧菌或兼性厭氧菌,如大腸桿菌和鏈球菌等,流動性大,有潛在致病性,大部分屬于外籍菌群或過路菌群。
乳桿菌在數量上歸為次要菌群,在回腸中含量較高,但是其具有較為重要的功能,因此在功能上歸屬于優勢菌群。
優勢菌群與微生境的特征密切相關,以厭氧菌為主的優勢菌群,一般生存在清除速率較低、營養豐富的微生境,如結腸,所以菌群密集度和多樣性高；而兼性或需氧菌群一般生活在清除速率高的微生境,如小腸近端,其菌群密集度和菌群多樣性較低,由于菌群密集度低,很難稱得上是“優勢菌群”；在酸性微生境中,耐酸、產酸的細菌成為優勢菌群。微生境的改變,可使菌群中的優勢菌群發生替換,如便秘時大便優勢菌群主要是革蘭陰性厭氧菌,慢性腹瀉時常見革蘭陽性桿菌為優勢菌群,而在嚴重急性腹瀉時大便中的優勢菌群為致病性細菌或某些兼性/需氧細菌。在腸道中,盡管專性厭氧菌是主要菌群,占據優勢,但這些菌群又依賴于需氧菌或兼性厭氧菌等次要菌群的存在,因為后者在增殖過程中消耗氧氣,保證前者的生長條件。一個生理性組合的腸道菌群是有益的,而病理性組合的腸道菌群是有害的。
人體腸道內的微生物中,超過99%都是細菌,存活著數量大約有100兆個,有500～1000個不同的種類。這些數目龐大的細菌大致可以分為三個大類：有益菌、有害菌和中性菌。
有益菌,也稱之為益生菌,主要是各種雙歧桿菌、乳酸桿菌等,是人體健康不可缺少的要素,可以合成各種維生素,參與食物的消化,促進腸道蠕動,抑制致病菌群的生長,分解有害、有毒物質等。
有害菌,數量一旦失控大量生長,就會引發多種疾病,產生致癌物等有害物質,或者影響免疫系統的功能。
中性菌,即具有雙重作用的細菌,如大腸桿菌、腸球菌等,在正常情況下對健康有益,一旦增殖失控,或從腸道轉移到身體其他部位,就可能引發許多問題。
人體的健康與腸道內的益生菌群結構息息相關。腸道菌群在長期的進化過程中,通過個體的適應和自然選擇,菌群中不同種類之間,菌群與宿主之間,菌群、宿主與環境之間,始終處于動態平衡狀態中,形成一個互相依存,相互制約的系統,因此,人體在正常情況下,菌群結構相對穩定,對宿主表現為不致病。
有研究指出,體魄強健的人腸道內有益菌的比例達到70%,普通人則是25%,便秘人群減少到15%,而癌癥病人腸道內的益生菌的比例只有10%。