影響腸道菌群的主要因素有4個方面：人體自身的因素（腸道的酸堿性,膽汁及消化酶的分泌,腸道的蠕動,腸道黏液的分泌,腸道表皮的脫離等）以及人所處的環境因素（壓力,出差等）；人體攝入的飲食（可消化的食物與不可消化的纖維、藥物等）；細菌自身因素（細菌的黏附能力,繁殖能力,營養需求量,抗消化酶能力等）；細菌之間的相互作用（營養競爭,相互抑制作用,協同作用等）。
腸道菌群處于健康的平衡狀態（大腸內的益生菌數量是有害菌的1千倍到1萬倍）,致病菌或者條件致病菌以很少的數目存在,它們產生的有毒代謝物不足以對宿主的健康產生危害。但當上述所說的4個方面的因素急劇變化,腸道內有益菌數量大量減少,有害菌數量瘋狂增長,腸道菌群平衡被打破,人體就會出現腹瀉、便秘、消化不良等癥狀。腸道菌群平衡被打破,結果就是健康的受損。
所以,為了保證腸道日常正常運作,除了在日常生活中合理飲食,正常作息外,還有補充足夠的益生元,增殖腸道有益菌,讓腸道保持健康。調查數據顯示,人體人均日常實際益生元入量為2—8g/d,距離人體日常所需最少攝入量——15g還有一定差距。所以,一般人要保證腸道每日所需益生元,則需要額外補充。