Cpn在Hela229中培養，其外形極像鸚鵡熱衣原體（Cps），但碘染色陰性且不擠壓細胞核。既往認為電鏡觀察Cpn，其明顯特征為其外形為梨形，平均直徑為380nm，其長軸為440nm，短軸為310nm。姬姆薩染色法可著色，革蘭氏染色不著色。核區和細胞膜之間有較寬的原生質區。而Cps和沙眼衣原體（CT）均為圓形。CP菌株YK-41、10L-207及K6菌株也被證實為圓形。現認為，Cpn、CT和Cps的包涵體凸面有很多顆粒呈六角形排列，用激光束轉換的方法研究Cpn的原體外形發現，其表面的六角形結構有相似的周期性，在Cpn原體的復制繁殖過程中，普遍存在線粒體與包涵體并不相關現象，具體機制有待闡明。