膽總管結石的臨床表現復雜多樣，主要是膽總管梗阻和相伴發生的急性化膿性膽管炎，在結石有效清除以前，癥狀反復發作。膽管梗阻是決定性的因素，病情的輕重，進展的急緩和梗阻的程度（是否完全）和持續的久暫，膽道感染的嚴重程度，肝臟損傷的程度和范圍與是否有并發癥等有密切關系。
膽總管結石最典型的臨床表現是上腹絞痛和對穿性背痛，寒戰、高熱和隨后發生的黃疸三大組癥狀；若膽管下端梗阻完全，膽囊管通暢，膽囊壁尚未纖維化萎縮，表現右上腹有腫大壓痛的囊性包塊；肝臟呈對稱性、彌漫性腫大、壓痛；患者表現弛張性高熱，肝細胞損害和膽汁淤滯的表現等一系列中毒性癥狀，總稱為急性梗阻性化膿性膽管炎。若就診較晚或未予及時有效解除梗阻，感染進一步加劇，全身毒血癥和中毒性休克致重癥急性梗阻性化膿性膽管炎（ACST）導致嚴重的并發癥甚至危及生命。