根據組織學觀察、外觀特征及其再生性、再生方式等，愈傷組織分成兩大類：胚性愈傷組織（embryonic callus，EC）和非胚性愈傷組織（non-embryonic callus，NEC）。一般胚性愈傷組織質地較堅實，顏色有乳白色或黃色，表面具球形顆粒，其生長緩慢；從細胞學來看，胚性愈傷組織由等直徑細胞組成，細胞較小，原生質濃厚，無液泡，常富含淀粉粒，核大，分裂活性強。
胚性愈傷組織又可分為致密型胚性愈傷組織和易碎型胚性愈傷組織。這兩類胚性愈傷組織都能在分化培養基上再生完整植株。
