1、胚胎干細胞能永生化，可以傳代建系，且增殖能力強，來源充沛。
2、雖然成體干細胞具有向多系分化的能力，但這種分化的“效率”尚不理想。通過體外的擴增培養能提高轉化效率，但是體外的轉化是否會引起成體干細胞遺傳變化還有待證實，而且這種分化是否是成體干細胞多系分化的結果尚無法肯定。即使是成體干細胞多系分化的結果，我們也不明了是何種信號誘導了整個過程的發生。而胚胎干細胞的研究已經有三十多年的歷史。鼠胚胎干細胞的研究已經證明了胚胎干細胞的全能性。相應的信號誘導機制的研究也取得了長足的進展。當前鼠胚胎干細胞的研究成果給正在進行的人體胚胎干細胞研究很大的助力。成體干細胞和胚胎干細胞各有自身的優勢和缺陷。對于一個實驗室而言，同時開展對兩者的研究，不僅是可能的，而且能互為裨益，相得益彰。兩者的研究對干細胞領域而言都是必要的。