臨床表現輕重不等。可無明顯臨床癥狀，亦可以有明顯的多種臨床表現。
1.腹痛多至90%的患者存在程度不同的腹痛，間隔數月或數年發作一次，為持續性疼痛。多位于中上腹部，為鈍痛或隱痛。亦可偏左或偏右，常放射到背部。疼痛部位與炎癥部位一致。根據實驗，用電刺激胰頭部，疼痛發生在右上腹，刺激胰尾部，疼痛在左上腹。除向背部放射外，少數向下胸部、腎區及睪丸放散。橫膈受累，可有肩部放射性疼痛。疼痛為持續性，深在。輕者只有壓重感或灼熱感。少有痙攣樣感覺。飲酒，高脂、高蛋白飲食可誘發癥狀，疼痛嚴重時伴惡心、嘔吐。這類患者的腹痛常有體位的特點。患者喜蜷曲臥位、坐位或前傾位，平臥位或直立時腹痛加重。
2.腹瀉輕癥病人無腹瀉癥狀，但重癥病人腺泡破壞過多，分泌減少，即出現癥狀。表現為腹脹與腹瀉，每天大便3～4次，量多，色淡，表面有光澤和氣泡，惡臭，多呈酸性反應。由于脂肪的消化、吸收障礙，糞便中的脂肪量增加。此外，糞便中尚有不消化的肌肉纖維。由于大量脂肪和蛋白質丟失，病人出現消瘦、無力和營養不良等表現。
3.其他一些消化不良癥狀如腹脹、食欲下降、惡心、乏力、消瘦等癥狀常見于胰腺功能受損嚴重的患者。如胰島受累明顯可影響糖代謝，約10%有明顯的糖尿病癥狀。此外，合并膽系疾病或膽道受阻者可有黃疸。假性囊腫形成者可觸及腹部包塊。少數患者可出現胰性腹水。此外，慢性胰腺炎可出現上消化道出血。其原因為：胰腺纖維化或囊腫形成壓迫脾靜脈，可形成門靜脈血栓造成門脈高壓。且慢性胰腺炎患者合并消化性潰瘍的概率較高。持續酗酒者可出現酒精性胃黏膜損傷。慢性胰腺炎患者可發生多發性脂肪壞死。皮下脂肪壞死常在四肢出現，可在皮下形成硬性結節。
診斷慢性胰腺炎臨床表現多變且無特異性，診斷常有困難，非典型者更難明確診斷。對反復發作的急性胰腺炎、膽道疾病或糖尿病患者，有反復發作性或持續性上腹痛、慢性腹瀉、體重減輕不能用其他疾病解釋，應懷疑本病。臨床診斷主要根據病史、體格檢查并輔以必要的X線、超聲或其他影像學檢查、上消化道內鏡及有關實驗室檢查等。慢性胰腺炎最新的診斷標準(日本胰腺病學會，1995)如下：
1.慢性胰腺炎確診標準
(1)腹部B超胰腺組織內有胰石存在。
(2)CT胰腺內鈣化，證實有胰石。
(3)ERCP：胰腺組織內胰管及其分支不規則擴張并且分布不均勻；主胰管部分或完全阻塞，含有胰石或蛋白栓子。
(4)分泌試驗：重碳酸鹽分泌減少，伴胰酶分泌或排出量降低。
(5)組織學檢查：組織切片可見胰腺外分泌組織破壞、減少，小葉間有片狀不規則的纖維化，但小葉間纖維化并非慢性胰腺炎所特有。
(6)導管上皮增生或不典型增生、囊腫形成。
2.高度疑診慢性胰腺炎標準
(1)腹部B超胰腺實質回聲不均，胰管不規則擴張或胰腺輪廓不規整。
(2)CT胰腺輪廓不規整。
(3)ERC：僅有主胰管不規則擴張，胰管內充盈缺損，提示有非鈣化性胰石或蛋白栓子。
(4)分泌試驗：僅有重碳酸鹽分泌減少，或胰酶分泌及排出減少。
(5)非插管試驗：苯甲酸-酰胺-對氨基苯甲酸(BT-PABA)試驗和糞糜蛋白酶試驗在不同時間檢查均異常。
(6)組織學檢查：組織切片可見小葉間纖維化，以及有以下1項異常：外分泌組織減少、郎漢斯細胞團分離或假性囊腫形成。
在診斷中不應考慮屬哪種臨床類型，并盡量應用可行的檢查方法明確其發病原因。很多情況下，只能暫時懷疑為慢性胰腺炎，再通過長期的治療和隨訪觀察來明確診斷。
慢性胰腺炎主要表現為慢性腹痛及胰腺內、外分泌功能不全，它與胰腺癌的發生有關。還可引發其他一系列并發癥，最常見的并發癥是假性囊腫的形成及十二指腸、共同通道的機械性梗阻，較少見的并發癥有脾靜脈血栓形成并門脈高壓、假性動脈瘤的形成(尤其是脾動脈)及胰源性胸、腹水。
