1）急性胰腺炎：血清脂肪酶活性測定可用于胰腺疾病診斷，特別是急性胰腺炎時，發病4-8h內血清脂肪酶活性升高，24h達高峰，持續8-14天。脂肪酶活性升高多與淀粉酶并行，可能升高時間更早、持續時間更長、升高幅度更大。因而，疾病后期測定更有意義。血清脂肪酶對急性胰腺炎的診斷有很大幫助。臨床研究證實，其靈敏度為80%～100%，特異性為84%～96%，而淀粉酶的靈敏度為73%～79%，特異性為82%～84%，血清脂肪酶活性測定對急性胰腺炎診斷的靈敏度及特異性均優于淀粉酶活性測定。
2）急腹癥：血清脂肪酶升高可見于急腹癥。
3）慢性腎病：血清脂肪酶升高可見于慢性腎病等。
4）做為腮腺炎和巨淀粉酶血癥時鑒別診斷指標：腮腺炎和巨淀粉酶血癥時血清脂肪酶不升高，此點與淀粉酶不同，可用于鑒別。
5）胰腺外傷和胰腺癌。