脈沖場凝膠電泳在生物基因分型、分子流行病學研究、細胞凋亡、追蹤傳染源、獸醫流行病診斷輔助、食品和公共健康及染色體DNA分離等研究中有廣泛應用。
追蹤傳染源
脈沖場凝膠電泳用于評估同一事件中不同來源菌株可能存在的關系，是溯源的有用技術之一。當疫情爆發時， 為了采取有針對性的措施，對該疫情進行合理有效地防控， 需要明確導致疾病爆發的根本原因。脈沖場凝膠電泳技術可以在看上去分散無關系的病例中尋找關鍵聯系，追蹤傳染源，最終達到預防和控制疾病的目的。
分子分型
目前（2012年），脈沖場凝膠電泳是國內外在分子流行病學研究中被廣泛接受的方法之一，被認為是細菌分子生物學技術的“金標準”，與核糖體分型相比較，脈沖場凝膠電泳的分型能力更強。脈沖場凝膠電泳分型技術是現階段霍亂流行病學調查中使用最普遍的分子分型方法。
分子流行病學研究
脈沖場凝膠電泳技術由于比表型鑒定和Southern雜交技術在區分亞種時更具優勢， 所以已經成為分子流行病學研究中最有效的手段。研究表明， 脈沖場凝膠電泳在醫院感染爆發流行疾病的鑒定上與PCR指紋圖譜分型同樣有效，并有著自己獨特的優勢。
在獸醫領域的應用
1996年，有學者通過進行同工酶分析與脈沖場凝膠電泳開展對牛分枝桿菌和其他復雜肺結核分枝桿菌屬的基因組分析。結果表明，脈沖場凝膠電泳是一種對牛結核分枝桿菌流行病學研究具有高度鑒別力的技術，它可以在結核獨立爆發的動物中培養、分離牛結核分枝桿菌進行分型，并確定感染源，顯示一定地域中由不同菌株造成多重感染可能性的存在。
