在標準的PFGE中,第一個脈沖的電場方向在另一側成45°夾角。由于瓊脂糖凝膠的電場方向、電流大小及作用時間都在交替變化,使得DNA分子能夠隨時調整其游動方向,以適應凝膠孔隙的無規則變化。
與相對分子質量較小的DNA相比,相對分子質量較大的DNA需要更多的脈沖次數來更換其構型和方位,使其按新的方向游動。應用脈沖電場凝膠電泳技術,可成功分離到高達7MB的DNA大分子。