脊索(notochord)是身體背部起支持作用的棒狀結構，位于消化道背面、背神經管腹面。在發生上來自胚胎的原腸背壁（屬于中胚層），后與原腸脫離形成。
典型的脊索由富含液泡的脊索細胞組成（文昌魚的脊索中由肌肉細胞構成，收縮可增加堅韌度），外面圍有脊索細胞分泌形成的結締組織鞘，即脊索鞘(notochordal sheath)。脊索鞘常包括內、外兩層，分別為纖維組織鞘和彈性組織鞘。充滿液泡的脊索細胞由于產生膨壓，使脊索既具彈性又有硬度。脊索終生存在低等脊索動物中（如文昌魚）或僅見于幼體時期（如尾索動物）。
脊椎動物中的圓口類脊索終身保留，其他類群只在胚胎期出現脊索，后來被脊柱所取代，成體的脊索完全退化或保留殘余。