腦膿腫的治療方法已經非常成熟，抗菌藥物、膿腫腔穿刺、開顱手術切除是治療的主要手段。但腦膿腫的治療不能用統一的標準，需要對患者采取靈活的個體化治療。膿腫腔穿刺因創傷損傷小，已經成為現如今的主流治療方法，尤其是腦深部或功能區膿腫尤為適用。然而對于有明顯顱內壓增高的患者或厚壁的多房的膿腫，開顱手術仍應作為首選，對于外傷性膿腫開顱手術能清除可能的異物并封閉可能的瘺口也應作為首選。
膿腫腔穿刺是非常有效的治療方法，現如今立體定向技術甚至無框架的神經導航技術也得到廣泛的普及，膿腫腔穿刺越來越受到受到推崇。絕大多數膿腫能通過穿刺抽吸輔助抗菌藥物得到治愈，少部分病例需要多次穿刺，主要原因可能是膿腔壁厚、膿液抽吸不全、膿腔沖洗不干凈所致。合理的抗菌藥物治療是必須的，一般而言需要選用廣譜的透血腦屏障良好的抗菌藥，常規選用的有頭孢曲松，美羅培南。如果有培養結果可根據藥敏結果選用抗菌藥物。必要情況下需要考慮混合感染與厭氧菌感染而選用抗菌藥物。