脯氨酰異構酶活性首先是使用基于糜蛋白酶的測定法發現的。僅當脯氨酸肽鍵處于反式狀態時,蛋白水解酶糜蛋白酶對四殘基肽Ala-Ala-Pro-Phe具有非常高的底物特異性。將胰凝乳蛋白酶添加到含有具有該序列的報告肽的溶液中會導致約90%的肽快速裂解,而那些具有順式脯氨酸鍵的肽-在水溶液中約為10%-以受未催化的脯氨酸異構化限制的速率裂解。如果它具有真正的脯氨酰異構酶活性,則添加潛在的脯氨酰異構酶將加速后一反應階段。