（一）腺鼠疫應與下列疾病鑒別。
⒈急性淋巴結炎 此病有明顯的外傷，常有淋巴管炎、全身癥狀輕。
⒉絲蟲病的淋巴結腫 本病急性期，淋巴結炎與淋巴管炎常同時發生，數天后可自行消退，全身癥狀輕微，晚上血片檢查可找到微絲蚴。
⒊兔熱病 由兔熱病菌感染引起，全身癥狀輕，腺腫境界明顯，可移動，皮色正常，無痛，無被迫體姿，預后較好。
（二）敗血型鼠疫需與其它原因所致敗血癥、鉤端螺旋體病、流行性出血熱、流行性腦脊髓膜炎相鑒別。應及時檢測相應疾病的病原或抗體，并根據流行病學、癥狀體征鑒別。
（三）肺鼠疫須與大葉性肺炎、支原體肺炎、肺型炭疽等鑒別。主要依據臨床表現及痰的病原學檢查鑒別。
（四）皮膚鼠疫 應與皮膚炭疽相鑒別。