1、用于自身免疫性肝炎的診斷及分型。
2、ANA與1型AIH相關，大部分AIH患者ANA陽性；SMA與1型AIH相關，AIH患者可有SMA陽性；抗LKM1見于ANA和SMA陰性患者，靶抗原是P4502D6，與2型AIH相關；抗SLA/LP與1型AIH相關，有高度特異性；不典型pANCA經常在AIH患者中出現，與抗LKM1不同時存在；抗LC1對AIH特異，多見于20歲以下者，與2型AIH相關；抗線粒體抗體（AMA）很少見于AIH患者，可與ANA、SMA伴隨出現。
抗線粒體抗體2型抗體IgG：M2抗原的自身抗體是原發性膽汁性肝硬化（PBC）診斷的高特異性（約98%）和高敏感度（約93%）的血清學標志物。低濃度的M2抗體也可在其他慢性肝臟疾病和進行性系統性硬化的患者血清中檢測到（30%、7%-25%），并且M2抗體陽性的系統性硬化患者罹患重疊綜合征的風險增大。
抗肝腎微粒體抗體-1型抗體：LKM-1抗體是Ⅱ型AIH的血清特異性抗體，在70%的Ⅱ型AIH患者中可以檢測到抗LKM-1抗體。抗LKM-1抗體在AIH中的檢出率較低，月1%成人AIH患者中可出現抗LKM-1抗體，兒童AIH患者抗LKM-1抗體陽性率更高。此外，1%-2%的丙肝患者可出現抗LKM-1抗體。
抗可溶性肝抗原/肝胰抗原抗體：抗SLA/LP抗體是所有AIH相關抗體中診斷價值最高的一個抗體。抗SLA/LP抗體既可以單獨出現，也可以和其他自身抗體一起出現。抗SLA/LP抗體在AIH中的陽性發生率僅為10%-30%，但其陽性預測值幾乎為100%：如果存在相應的臨床癥狀，僅抗SLA/LP抗體陽性就基本上可確診為AIH。 抗SLA/LP抗體對AIH具有很高的特異性，僅出現在AIH，所有病毒性肝炎患者抗SLA/LP為陰性。因此，抗SLA/LP抗體的檢測有助于AIH與病毒性肝炎的鑒別診斷及治療方案的制定。 抗SLA/LP和抗Ro-52抗體存在高度相關性。抗SLA/LP和抗Ro-52抗體陽性的患者表現出高度AIH活動性，病程更為嚴重，治療時間更長。另外，研究證實抗SLA/LP抗體滴度也是監測疾病緩解和復發情況的一個重要血清學指標。
抗平滑肌抗體：SMA主要為IgG類，也可見IgM類抗體，無種屬特異性和器官特異性，一般認為不結合補體。目前認為SMA的出現與肝細胞的損傷有關。SMA主要見于自身免疫性（狼瘡樣）肝炎．陽性率達69%～81%，而SLE則SMA為陰性，可用于兩者的鑒別；此抗體與病毒性肝炎的類型無相關性，急性病毒性肝炎早期SMA檢出率約80%，多在發病第1周即可出現，與HBsAg陽性與否無關，持續時間較短，2～3個月內明顯下降；慢活肝陽性率高達80%以上；皮膚黏膜淋巴結綜合征的小ASMA
抗核抗體檢測
1.ANA是以真核細胞核成分為靶抗原的自身抗體的總稱，無種屬特異性和器官特異性。由于ANA的核抗原不同，從而產生針對細胞核多種成分的抗體，目前至少有4種類型：核蛋白抗體（即紅斑狼瘡生成因子）可引起紅斑狼瘡細胞現象，是ANA中最主要的一種，其相應的抗原是DNA與核組蛋白復合物；可溶性核蛋白抗體其相應的抗原是可溶性核蛋白；DNA抗體其相應的抗原是DNA；RNA抗體其相應抗原為RNA。由于ANA的多樣性，使其檢測方法很多，用熒光抗體法檢測ANA時，可見以下4種熒光圖譜：
(l）均質型：此型與抗組蛋白抗體有關，幾乎所有活動性SLE患者均可檢出，但某些自身免疫性疾病此抗體的檢出率也可達20%～30%。
(2）周邊型：其對應抗體為抗ds-DNA抗體，多見于SLE，特別是有腎炎患者，在此型ANA陽性時，應進一步檢測抗ds-DNA抗體。
(3）斑點型：與此型相關抗體有抗U1-RNA、抗Sm、抗Scl-70(Og）、抗SS-B(La）、抗SS-A(Ro）、抗Ki、抗Ku及抗其他非組蛋白抗體，多見于混合型結締組織病（MCDT)，也可見于SLE和60％以上的進行性全身性硬化患者。
(4）核仁型：此型與核糖體、U3-RNP、RNA聚合酶的抗體有關，當其陽性時抗核的核糖體陽性的可能性較大，除SLE外，硬皮病患者陽性率可達40％。
2．正常人有少數ANA陽性，一般當血清稀釋1:4時，男性有3％陽性，女性有7％陽性，而80歲以上者陽性率可達49%，臨床上以血清稀釋度大于1:16以上者判為陽性。
3．測定ANA對SLE等自身免疫性疾病有重要意義，SLE活動期陽性率達100%，以周邊型為主，緩解期以均質型為主；混合型結締組織病以斑點型多見；系統性硬化癥、口眼干燥及關節綜合征以核仁型多見；ANA陽性的其他疾病還見于自身免疫性肝炎（狼瘡性肝炎）、慢性淋巴細胞性（橋本）甲狀腺炎、重癥肌無力、類風濕性關節炎、皮肌炎、潰瘍性結腸炎、巨球蛋白血癥和藥物引起的狼瘡等。
4．熒光抗體測定結果判斷受主觀因素影響較大，因此熒光染色圖譜只有相對參考意義，不能據此作出定論，必要時應進一步作特異性ANA檢測。
抗線粒體抗體：AMA是一種無種屬特異性和器官特異性的自身抗體，主要以IgG類AMA為主，亞類中以IgG3為最多見，也可見于IgA和IgM類。AMA的靶抗原為細胞漿中的線粒體，分為M1～M6等六種類型。M1是位于線粒體外膜的心磷脂、M2是位于線粒體內膜的對胰蛋白酶敏感的脂蛋白、M3～M5位于線粒體外膜對胰蛋白酶抵抗、M6性狀尚不明確。AMA與病情嚴重程度無關，用免疫抑制劑治療其效價也不一定降低。
多種肝臟疾病可檢出AMA，原發性膽汁性肝硬化患者陽性檢出率達90％以上，且滴度較高；慢活肝、隱性肝硬化陽性率＜25%，而總膽管阻塞性患者常為陰性，因此AMA對于鑒別原發性膽汁性肝硬化和肝外膽道阻塞具有重要意義。在其他疾病，SLE檢出率為5%，干燥綜合征和系統性硬化癥為8％以上，正常人少見。
抗肝細胞胞質Ⅰ型抗原抗體：
抗LC-1抗體是Ⅱ型AIH的標記抗體，可在56%-72%的Ⅱ型自身免疫性肝炎（AIH）患者體內發現抗LC-1抗體，并且抗LC-1抗體可能伴隨來自Ⅰ型AIH和慢性丙肝病毒感染患者血清中的SMA和ANA。抗LC-1抗體常與抗LKM-1抗體同事存在，在50%的抗LKM-1抗體陽性患者血清中有抗LC-1抗體。也有研究顯示抗LC-1抗體在10%的AIH患者中是唯一的血清標志物。抗LC-1抗體的滴度與疾病活動性有很好的相關性，被認為是AIH中殘留肝細胞炎癥的一個有用標志物，成功的免疫抑制治療后抗LC-1抗體滴度可降低50%以上，甚至能完全轉陰。抗LC-1抗體濃度與天門冬氨基酸轉移酶水平相平行是判斷AIH疾病活動性的一個敏感指標。