舌咽神經痛分為原發性和繼發性。原發性舌咽神經痛，即舌咽神經本體病變；繼發性舌咽神經痛，即繼發于其它病因引起的舌咽神經痛，如顱內腫瘤導致顱內血管壓迫舌咽神經根；舌咽神經走行區域炎癥反應、莖突過長、扁桃體周圍膿腫等，刺激舌咽神經引起舌咽神經疼痛。所以舌咽神經痛檢查首先是找到病因，完善頭顱核磁或舌咽神經核磁共振檢查，明確舌咽神經根部有無血管或腫瘤壓迫。咽喉部核磁共振或者CT，排除咽喉部腫瘤或莖突過長等病變因素。
總之，舌咽神經痛患者除常規檢查之外，主要是完善影像學檢查，包括頭顱核磁、舌咽神經磁共振血管成像、磁共振體層血管造影等。