常用方法有反轉錄PCR（RT-PCR）、核酸序列依賴性擴增（NASBANuclisens）、分枝DNA信號放大系統（bDNA）和實時熒光定量PCR擴增（realtimePCR）。病毒載量測定的臨床意義包括預測疾病進程、提供開始抗病毒治療依據、評估治療效果、指導治療方案調整以及HIV感染早期診斷的參考指標。小于18月齡的嬰幼兒HIV感染診斷可以采用核酸檢測方法，以2次核酸檢測陽性結果作為診斷的參考依據，18月齡以后再經抗體檢測確認。HIV病毒載量檢測結果低于檢測下限，報告本次實驗結果低于檢測下限，見于沒有感染HIV的個體、接受成功的抗病毒治療或機體自身可有效抑制病毒復制的部分HIV感染者。HIV病毒載量檢測結果高于檢測下限，可作為診斷HIV感染的輔助指標，但不能單獨用于HIV感染的診斷。推薦病毒載量檢測頻率：對于已接受抗病毒治療6個月以上、病毒持續抑制的患者，可每6個月檢測1次。HAART6個月內或病毒載量抑制不理想或需調整治療方案時病毒載量的檢測頻率需根據患者的具體情況由臨床醫師決定。如條件允許，建議未治療的無癥狀HIV感染者每年檢測1次，HAART初始治療或調整治療方案前、初治或調整治療方案初期每4～8周檢測1次。病毒載量低于檢測下限后，每3～4個月檢測1次，對于依從性好、病毒持續抑制達2～3年以上、臨床和免疫學狀態平穩的患者可每6個月檢測1次。