在高通量檢測這個領域里，基因芯片和二代測序這對相愛相殺的cp，原本均是了解基因組結構和功能的絕佳高手，如今為了一爭高下，又是鬧的不開交。這不，基因芯片仗著自己老大哥的身份，手持一個二維的DNA探針陣列所形成的三維地圖，以數以萬計的探針做方向標，能按圖索驥的找到基因組的特定位置，且結合完整成熟的指控分析手段能快狠準地篩選出所需基因，頗有幾分笑傲江湖的氣勢。
然而，RNA測序技術作為后起之秀，不僅能輕而易舉地解讀由轉錄組組成的生命雜志，就連探索新的突變位點以及新基因之事也都不在話下。這鋒芒畢露的架勢，顯然來勢洶洶，眼瞅著就要把這些年略顯沉寂的芯片老大哥給打壓下去，成為高通量領域里獨霸一方的勢力了。
至此，進入看戲模式的吃瓜群眾—科研者們，雖然表面看的熱鬧，其實內心深處也頗為糾結，萬一哪天真要戰隊，我該支持誰呢?芯片與測序各有所長，均可大放異彩，到底誰才是笑到最后的那一個呢?
芯片vs測序，各領風騷
BMC Genomics 的一篇文章，似乎能為一眾心有存疑的科研者們指點迷津。它以9對肺鱗狀細胞癌配對樣本為材料，分別用Affymetrix HumanTranscriptome Arrays 2.0 (HTA)(最新一代全轉錄本表達譜芯片)和IlluminaHiSeq 2000檢測平臺，以測序200 M reads為基礎，深入比較了芯片和測序在轉錄本定量檢測和可變剪切方面的情況。
首先，就檢測基因覆蓋范圍而言，芯片和測序均可檢測到Ensembl數據庫中92%的mRNA和90%的lncRNA，可以說是不相上下，打成平局。
而在正常和腫瘤組織生物學重復比較分析，發現在低表達基因上，RNA-seq檢測的樣本可變性更大，而芯片則沒有表達高低的偏好性，說明HTA芯片的穩定性比RNA-Seq更好。
至于靈敏度，依據檢測信號分布強度(log2 intensity values)，HTA的變化范圍在3到13之間，而RNA-seq則在-1到14之間，其動態范圍更大，可減少一些漏網之魚，然而對于一些短片度基因，卻是芯片的檢測效果更好一些。
而非配對差異分析結果中，在mRNA差異檢出數量中，HTA對比RNA-seq分別是6173和4777(3683為共有);在lncRNA差異檢出數量中，HTA對比RNA-seq分別是1219和892(376為共有)。
顯然，對同樣疾病樣本在TCGA上的數據分析比較，差異基因中，無論是mRNA，還是lncRNA，芯片與TCGA吻合的基因數量更多。