通常它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測基因的表達水平變化時常用它來做參照物。內參基因通常是持家基因（house-keeping gene）因為其表達水平受環境因素影響較小，而且在個體各個生長階段的幾乎全部組織中持續表達變化很小。常用的內參基因包括GAPDH、β-actin(BETA-actin)、18sRNA、B2M、HPRT和TBP等。
內參基因的優點是與樣品中的靶基因經歷完全相同的處理程序，可以監控采樣，運輸，核酸提取和擴增的全部過程。缺點是不同物種，不同生理狀態下，不同組織中的內參基因存在一定的差異。如果樣品類型是口腔液，咽拭子等樣品，內參基因的量很低可能導致實驗不成立。如果檢測的是環境樣品則內參基因可能完全失效。